Tháng 7, 1979, Bakr từ chức, Saddam Hussein người được ông lựa chọn để kế thừa quyền lực đã thâu tóm cả chức Tổng thống và Chủ tịch Hội đồng chỉ huy cách mạng. Trên thực tế Saddam Hussein đã là người lãnh đạo đất nước từ vài nằm trước khi chính thức nắm quyền.

Những tranh chấp lãnh thổ với Iran đã dẫn tới cuộc chiến tranh dài tám năm, Chiến tranh Iran-Iraq (1980 – 1988 không phân thắng bại gây tổn hại lớn cho cả hai bên, cuộc chiến này thường đươợcgọi là Qādisiyyat-Saddām. Iraq tuyên bố chiến thắng năm 1988 nhưng trên thực tế đã phải lui quân về biên giới trước chiến tranh (status quo ante bellum). Cuộc chiến khiến cho Iraq có được một tổ chức quân sự lớn nhất trong vùng Vịnh Péc xích nhưng đi kèm theo nó là những khoản nợ lớn và cuộc nổi dậy của những người Kurd ở vùng núi phía bắc. Theo điều được khẳng định, chính phủ, đã đàn áp cuộc nổi dậy này bằng cách sử dụng vũ khí hóa học chống lại dân thường.

Một cuộc tấn công trên diện rộng bằng vũ khí hóa học vào thành phố Halabja vào tháng 3 năm 1988 trong cuộc chiến Iran-Iraq thường được cho là do chế độ Saddam gây ra, dù việc ai là người chịu trách nhiệm về vụ này vẫn còn đang bị tranh cãi.[2] (Saddam giữ mình không bị liên lụy vào vụ này.) Dù hầu hết những quan điểm về vụ này đều coi chính quyền Iraq là bên có trách nhiệm liên quan tới vụ tấn công hơi độc (chống lại Iran), và sự kiện này đã trở thành hình tượng khi miêu tả sự tàn bạo của Saddam. Những ước tính về thương vong vào khoảng từ vài trăm cho đến ít nhất 7.000 người. Chính phủ Iraq tiếp tục được ủng hộ rộng rãi từ cộng đồng quốc tế gồm cả nhiều nước phương tây, Liên Xô, và Trung Quốc, và họ tiếp tục gửi vũ khí tới cho Iraq để chiến đấu với Iran. Quả thực, những chuyến tàu từ Mỹ (dù với số lượng nhỏ) đã tăng sau sự kiện đó, và Anh Quốc đã trao cấp 400 triệu bảng tín dụng thương mại cho Iraq chỉ mười ngày sau khi lên án vụ thảm sát .

Cuối thaậpkỷ 1970, Iraq mua một lò phản ứng hạt nhân của pháp, đặt tên là Osirak hay Tammuz 1. Việc xây dựng bắt đầu từ năm 1979. Năm 1980 lò phản ứng bị hư hại nhẹ sau một cuộc tấn công của không quân Iran, năm 1981, trước khi lò phản ứng được hoàn thành, nó bị không quân Israel phá hủy (xem Chiến dịch Opera), đẩy lùi chương trình hạt nhân của Iraq lại một khoảng thời gian lớn.

Xâm chiếm Kuwait và Chiến tranh vùng Vịnh

Một tranh chấp lãnh thổ trong thời gian dài đã dẫn tới việc Iraq xâm chiếm Kuwait năm 1990. Iraq buộc tội Kuwait xâm phạm biên giới Iraq để bảo vệ các nguồn tài nguyên dầu mỏ, và yêu cầu huỷ bỏ việc trả nợ của họ. Những cuộc thương lượng trực tiếp nhanh chóng thất bại. Saddam Hussein có một cuộc gặp khẩn với April Glaspie, Đại sứ Hoa Kỳ tại Iraq, ngày 25 tháng 7 năm 1990, bộc lộ những lo ngại của mình nhưng vẫn thể hiện ý muốn tiếp tục đàm phán. April Glaspie thông báo cho Saddām rằng Hoa Kỳ không quan tâm tới những tranh chấp biên giới giữa Iraq và Kuwait.

Những nhà hoà giải Ả Rập thuyết phục Iraq và Kuwait thương lượng với nhau tại Jiddah, Ả Rập Saudi, ngày 1 tháng 8 năm 1990, nhưng lần gặp gỡ đó chỉ để hai phía đưa ra những lời buộc tội lẫn nhau. Một cuộc gặp thứ hai được lên kế hoạch tại Baghdad, nhưng Iraq đã xâm chiếm Kuwait ngay ngày hôm sau. Quân đội Iraq tràn sang lãnh thổ Kuwait ngay sau nửa đêm ngày 2 tháng 8 năm 1990. Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc và Liên đoàn Ả Rập ngay lập tức lên án vụ xâm lược của Iraq. Bốn ngày sau, Hội đồng Bảo an áp đặt một lệnh cấm vận kinh tế lên Iraq, cấm hầu như toàn bộ hoạt động thương mại với nước này.

Iraq đáp trả sự trừng phạt bằng cách sáp nhập Kuwait làm "tỉnh thứ 19" của Iraq ngày 8 tháng 8, khiến gia đình Sabah đang phải chạy trốn ở nước ngoài yêu cầu cộng đồng quốc tế phải có biện pháp mạnh hơn nữa. Trong những tháng tiếp sau, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc đã đưa ra một loạt những giải pháp nhằm lên án sự xâm chiếm Kuwait của Iraq và áp đặt trừng phạt kinh tế toàn bộ chống lại Iraq. Các nước khác sau đó đã ủng hộ "Chiến dịch lá chắn sa mạc". Tháng 11 năm 1990, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc thông qua Nghị quyết 678, cho phép các nước thành viên sử dụng mọi biện pháp cần thiết, kể cả hành động quân sự chống lại các lực lượng Iraq đang chiếm đóng Kuwait, và yêu cầu Iraq phải rút toàn bộ quân đội ra khỏi Kuwait trước ngày 15 tháng 1 năm 1991.

Khi Saddam Hussen không tuân theo yêu cầu đó, Chiến tranh vùng Vịnh (Chiến dịch "Bão táp sa mạc") bắt đầu vào ngày 17 tháng 1 năm 1991 (3 giờ sáng theo giờ Iraq), với đội quân liên minh 28 nước, dẫn đầu là Hoa Kỳ tung ra những cuộc ném bom vào Baghdad. Cuộc chiến tranh gây ra thảm hoạ cho Iraq chỉ kéo dài sáu tuần, một trăm bốn mươi nghìn tấn vũ khí đã được đem ra sử dụng tại Iraq, tương đương với bảy quả bom nguyên tử ném xuống Hiroshima. Có lẽ khoảng 100.000 lính Iraq và hàng chục ngàn dân thường đã thiệt mạng.

Các cuộc ném bom của quân đồng minh đã phá huỷ đường sá, cầu cống, nhà máy, và các cơ sở khai thác dầu (tiêu diện hệ thống lọc và phân phối dầu quốc gia) và cắt đứt dịch vụ điện, điện thoại và nước sạch. Các trung tâm hội nghị và mua sắm và các vùng dân cư cũng bị thiệt hại. Hàng trăm người Iraq đã bị giết hại trong cuộc tấn công vào kho bom Al-Amiriyah. Bệnh dịch lan tràn qua nước ô nhiễm vì nước sạch và các cơ sở xử lý nước không thể hoạt động khi không có điện.

Hoa Kỳ tuyên bố một sự ngừng bắn ngày 28 tháng 2 năm 1991. Tổng thư ký Liên hiệp quốc Javier Pérez de Cuéllar đã gặp Saddam Hussein để bàn thảo về thời gian biểu rút quân khỏi Kuwait. Iraq đồng ý với các điều kiện của Liên hiệp quốc để đạt tới thoả thuận ngừng bắn vĩnh viễn vào tháng 4 năm 1991, và phải chịu các điều kiện khắt khe, buộc phải liệt kê và phá huỷ mọi kho dự trữ vũ khí.

Iraq dưới sự trừng phạt của Liên hiệp quốc

Xem thêm: Sự trừng phạt Iraq

Ngày 6 tháng 8, 1990, sau khi Iraq xâm chiếm Kuwait, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc thông qua Nghị quyết 661 áp đặt trừng phạt kinh tế lên Iraq, chuẩn bị cấm vận kinh tế toàn diện, chỉ trừ cung cấp y tế, thực phẩm và các nhu yếu phẩm khác của con người, những biện pháp này được Uỷ ban trừng phạt của Hội đồng Bảo an đưa ra. Sau khi kết thúc chiến tranh và sau khi quân Iraq rút khỏi Kuwait, các biện pháp trừng phạt này được ràng buộc với việc giải trừ Các vũ khí huỷ diệt hàng loạt theo Nghị quyết 687 của Liên hiệp quốc.

Hoa Kỳ cho rằng cần thiết phải ngăn chặn cuộc thảm sát người Ả Rập (Marsh Arabs) ở phía nam và người Kurd ở phía bắc Iraq nên đã đặt ra một "vùng cấm bay" từ phía bắc vĩ tuyến 36 và phía nam vĩ tuyến 32. Chính quyền Clinton cho rằng những nhân viên chìm của Iraq đã cố gắng thực hiện cái gọi là ám sát cựu Tổng thống George H. W. Bush vì thế việc trả đũa quân sự ngày 27 tháng 6 năm 1993 là thoả đáng. Trụ sở tình báo Iraq tại Baghdad bị tấn công bằng các Tên lửa hành trình Tomahawk.

Trong thời cấm vận của Liên hiệp quốc, những chống đối từ bên trong và bên ngoài đối với chính phủ của đảng Ba'ath rất yếu ớt và bị chia rẽ. Tháng 5, 1995, Saddam sa thải người anh em một nửa dòng máu (khác cha hay khác mẹ), là Wathban, đang giữ chức Bộ trưởng nội vụ và tháng 7 giáng cấp Bộ trưởng quốc phòng, Ali Hassan al-Majid. Những thay đổi nhân sự đó là kết quả của việc hai con trai Saddām Hussein là Uday Hussein và Qusay Hussein tiến lên nắm quyền. Họ chính thức nắm quyền phó tổng thống từ tháng 5 năm 1995. Tháng 8, Thiếu tướng Husayn Kāmil Hasan al-Majīd, Bộ trưởng công nghiệp quân sự và là một chính khách đồng minh với Saddam, đào thoát sang Jordan, cùng vợ (một trong những con gái của Saddam) và anh trai của mình, Saddam, người cũng lấy một con gái khác của vị tổng thống; cả hai kêu gọi lật đổ chính phủ Iraq. Sau vài tuần ở Jordan, và nhận được lời hứa hẹn đảm Bảo an toàn, hai anh em quay trở lại Iraq và bị sát hại.

Cuối thập kỷ 1990, Liên hiệp quốc muốn giải toả bớt trừng phạt áp dụng với Iraq vì những hậu quả nặng nề của nó với dân thường Iraq. Theo đánh giá của Liên hiệp quốc, khoảng 500.000 tới 1.2 triệu trẻ em đã chết trong những năm cấm vận. Hoa Kỳ đã sử dụng quyền phủ quyết của mình tại Hội đồng Bảo an để ngăn cản việc dỡ bỏ các biện pháp trừng phạt vì không thể kiểm chứng được việc giải giáp vũ khí của Iraq. Tuy nhiên, một chương trình đổi dầu lấy lương thực được lập ra năm 1996 để giảm bớt những hậu quả của lệnh trừng phạt.

Sự hợp tác của Iraq với các đội thanh sát vũ khí của Liên hiệp quốc đã nhiều lần bị đặt câu hỏi trong thập kỷ 1990. Trưởng phái đoàn thanh tra UNSCOM Richard Butler rút đội thanh sát của mình khỏi Iraq vào tháng 11 năm 1998 vì sự hợp tác không đầy đủ của Iraq. Đội thanh sát này đã quay trở lại vào tháng 12.[3]. Butler đã chuẩn bị một bản báo cáo trước Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc sau đó, trong bản báo cáo ấy ông bày tỏ sự không hài lòng về mức độ hợp tác . Cùng tháng đó, tổng thống Hoa Kỳ Bill Clinton cho phép tấn công không quân vào các mục tiêu chính phủ và quân sự. Các cuộc tấn công không quân vào các cơ sở quân sự và những địa điểm được cho là cất giấu các vũ khí huỷ diệt hàng loạt tiếp tục đến tận năm 2002.

Cuộc xâm chiếm Iraq năm 2003

Sau các cuộc tấn công khủng bố do nhóm khủng bố của triệu phú Ả Rập Saudi Osama bin Laden vào New York và Washington ở Hoa Kỳ năm 2001, chính sách đối ngoại của Mỹ bắt đầu chuyển hướng sang lật đổ chính phủ của đảng Ba'ath ở Iraq như là một phần của Cuộc chiến chống khủng bố trên toàn cầu. Các cố vấn bảo thủ ở Washington từ nhiều năm đã hối thúc một sự thay đổi chế độ ở Baghdad, nhưng tới tận khi thông qua Luật tự do 1998, chính sách chính thức của Mỹ mới là buộc Iraq phải tuân theo những trừng phạt của Liên hiệp quốc. Hơn nữa, những chính sách không chính thức của Hoa Kỳ, gồm nỗ lực đảo chính được CIA hậu thuẫn, nhằm lật đổ Saddam Hussein khỏi vị trí quyền lực. Việc George W. Bush được bầu làm tổng thống khiến cho nhiều chính khách cứng rắn được bổ nhiệm vào các chức vụ quan trọng trong việc lập chính sách tại chính phủ mới. Sau những cuộc tấn công khủng bố, việc thay đổi chế độ ở Iraq đã trở thành chính sách chính thức.

Hoa Kỳ hối thúc Liên hiệp quốc đưa ra hành động quân sự chống lại Saddam. Tổng thống Mỹ George Bush cho rằng Saddām đã liên tục vi phạm vào Nghị quyết số 16 của Hội đồng Bảo an. Chính phủ Iraq phủ nhận những lời buộc tội của Mỹ. Một đội thanh sát Liên hiệp quốc do chính trị gia Thuỵ Điển Hans Blix dẫn đầu được chấp nhận vào Iraq, báo cáo cuối cùng của họ cho rằng khả năng sản xuất "các vũ khí huỷ diệt hàng loạt" của Iraq không khác biệt nhiều so với năm 1992 khi nước này phá huỷ những kho vũ khí của họ theo những điều quy định của thoả thuận ngừng bắn với các lực lượng Liên hiệp quốc, nhưng không thể xác định chính xác khả năng Saddam vẫn sở hữu Vũ khí huỷ diệt hàng loạt. Hoa Kỳ và Anh Quốc buộc tội Iraq vẫn tàng trữ Vũ khí và phản đối yêu cầu cần thêm thời gian của đội thanh sát vũ khí để điều tra thêm về vụ việc. Nghị quyết 1441 được Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc nhất trí thông qua ngày 8 tháng 11 năm 2002, trao cho Iraq "một cơ hội cuối cùng để thực hiện những yêu cầu giải giáp" từng được các Nghị quyết của Liên hiệp quốc nhiều lần đặt ra, đe doạ "những hậu quả nghiêm trọng" nếu những yêu cầu trên không được thoả mãn. Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc không đưa ra một nghị quyết cho phép sử dụng vũ lực chống lại Iraq.

Tháng 3, 2003 Hoa Kỳ và Anh Quốc, với sự hỗ trợ quân sự từ nhiều nước khác xâm chiếm Iraq và lật đổ chế độ độc tài của Saddam Hussein.